【佳學(xué)基因檢測】原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測

遺傳病、罕見病基因檢測導(dǎo)讀：

原發(fā)性高草酸尿癥 (PH) 是一種罕見的常染色體隱性遺傳病，其特征是草酸鹽在腎臟和其他器官中積累。根據(jù)《泌尿科基因檢測的科學(xué)依據(jù)》，原發(fā)性高草酸尿癥的發(fā)生與部分基因突變的關(guān)系已經(jīng)明確：A**T (原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1))、G***R (原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)) 和H**A1 (PH3)。在這里，佳學(xué)基因檢測比較所收集的記錄中原發(fā)性高草酸尿癥355名患者的基因型和表型，并使用全外顯子組基因測序基因檢測數(shù)據(jù)計(jì)算了患病率。原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)（68.4% 的家庭）是最嚴(yán)重的原發(fā)性高草酸尿癥類型，而 PH3（11.0% 的家庭）腎功能下降最慢但癥狀最早。一組疾病進(jìn)展與 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)相似但未檢測到突變的患者（11.3% 的家庭）表明存在更多的基因序列變化。佳學(xué)基因確認(rèn)A**Tp.G170R 錯(cuò)誤定位等位基因?qū)е螺^溫和的 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 表型；然而，其他潛在的A**T錯(cuò)誤定位等位基因會(huì)導(dǎo)致更嚴(yán)重（有效外顯）的疾病。佳學(xué)基因確定了一位患有 ESRD 的 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者；體內(nèi)存在純合的新錯(cuò)義突變。人口分析表明原發(fā)性高草酸尿癥比臨床隊(duì)列確定的更常見（患病率，大約 1:58,000；攜帶者頻率，大約 1:70）。佳學(xué)基因檢測估計(jì)原發(fā)性高草酸尿癥在非裔美國人中的流行率大約是歐裔美國人的三倍，因?yàn)槌Ｒ姷臍W洲起源等位基因數(shù)量有限。預(yù)測 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)與 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 一樣普遍，是 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 的兩倍，表明 PH3（和 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)）病例診斷不足和/或不有效滲透。

發(fā)性高草酸尿癥基因檢測關(guān)鍵詞

傳性腎病,腎結(jié)石,分子遺傳學(xué),原發(fā)性高草酸癥,尿結(jié)石

原發(fā)性高草酸尿癥 (PHs) 是罕見的常染色體隱性先天性肝乙醛酸代謝缺陷，其特征是草酸鹽過量產(chǎn)生和排泄增加。草酸鈣過飽和會(huì)導(dǎo)致反復(fù)性尿路結(jié)石和/或腎鈣質(zhì)沉著癥，由于腎損傷導(dǎo)致所有組織中的草酸鹽沉積（全身性草酸鹽沉積），腎臟清除功能減少。

估計(jì)的原發(fā)性高草酸尿癥患病率 <3:1,000,000，但在大約 20%–50% 的病例中，會(huì)在就診前發(fā)生嚴(yán)重腎功能不全或移植后疾病反復(fù)。由于原發(fā)性高草酸尿癥的表型異質(zhì)性，從嬰兒腎鈣質(zhì)沉著癥伴腎功能衰竭到僅偶爾形成結(jié)石（類似于特發(fā)性結(jié)石?。?，以及對這種罕見的單基因疾病不熟悉，可能會(huì)出現(xiàn)診斷不足。在《腎臟疾病的臨床表現(xiàn)及其基因檢測》中，原發(fā)性高草酸尿癥有三種遺傳：原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)–3，分別與A**T 、 G***R和H**A1的突變相關(guān)。

原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 是由肝臟特異性過氧化物酶體酶丙氨酸-乙醛酸氨基轉(zhuǎn)移酶 (AGT) 缺乏引起的，是最嚴(yán)重的原發(fā)性高草酸尿癥形式，約占具有遺傳特征的患者的 80%。它可以表現(xiàn)為嬰兒型草酸鹽貯積癥，導(dǎo)致早逝，但更典型的病程是反復(fù)性尿石癥伴進(jìn)行性腎鈣質(zhì)沉著癥和 20-30 歲時(shí)發(fā)生的終末期腎病。佳學(xué)基因《原發(fā)性高草酸尿癥的致病性基因突變》總共收錄了超過178 種A**T突變；最常見的三種 p.G170R、c.33dupC 和 p.I244T 分別約占A**T的 30%、11% 和 6%突變等位基因；p.I244T 在西班牙/北非人群中很常見。

AGXT p.G170R 與 AGT 同源二聚體錯(cuò)誤靶向線粒體以及相關(guān)的“次要”p.P11L/p.I340M 單倍型 p.P11L 線粒體靶向序列 (MTS) 的暴露有關(guān)。 p.G170R 患者的腎臟疾病較輕，對吡哆醇治療有反應(yīng)，吡哆醇是一種減少酶錯(cuò)誤靶向的輔助因子。突變 p.G41R、p.F152I 和 p.I244T 如果存在于次要等位基因上，也會(huì)暴露線粒體靶向序列，而且基因解碼證據(jù)表明 p.F152I 患者受益于吡哆醇治療。檢測需要次要等位基因 (MiR) 變異之外的基因型-表型相關(guān)性因等位基因異質(zhì)性和顯著的表型變異性而變得復(fù)雜，無論是在家族內(nèi)還是在具有相同等位基因組合的無關(guān)患者中，都表明存在環(huán)境和修飾基因的作用。_

原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 通常沒有 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 嚴(yán)重，但新穎出現(xiàn)癥狀的年齡相似。它是由乙醛酸還原酶/羥基丙酮酸還原酶 (GR/HPR) 缺乏引起的，約占具有遺傳特征的原發(fā)性高草酸尿癥病例的 10%。迄今為止，佳學(xué)基因原性高草酸尿癥已收錄了 28 種不同的突變，其中 c.103delG 和 c.403_404+2delAAGT 分別占突變等位基因的 37% 和 18%；c.403_404+2delAAGT 主要是在亞洲人中發(fā)現(xiàn)的突變。

原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)是最不嚴(yán)重的形式，大多數(shù)患者的腎功能都得到了很好的保護(hù)。典型的表現(xiàn)是反復(fù)性尿路結(jié)石和第一個(gè)十年明顯的高鈣尿癥，但后來結(jié)石形成不太活躍。H**A1編碼肝臟特異性線粒體酶 4-羥基-2-氧代戊二酸醛縮酶 (HOGA)，突變導(dǎo)致羥基-2-氧代戊二酸醛縮酶積聚，從而抑制 GR/HPR 功能。原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)約占遺傳特征病例的 10%，其中一些攜帶者被發(fā)現(xiàn)是特發(fā)性結(jié)石形成者，表明對單倍體不足敏感。c.700+5G>T的突變有19個(gè)，約占所有H**A1等位基因的50%；p.E315del 主要存在于德系猶太人中。沒有為原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 或原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)建立等位基因相關(guān)性。

在這里，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測使用來自腎結(jié)石聯(lián)盟原發(fā)性高草酸尿癥登記處（RKSC原發(fā)性高草酸尿癥登記處）的大量原發(fā)性高草酸尿癥患者，評(píng)估了基因和等位基因水平的基因型-表型相關(guān)性。此外，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測使用可用的全外顯子組測序數(shù)據(jù)來提供基于人群的原發(fā)性高草酸尿癥患病率估計(jì)。總體而言，這些研究為原發(fā)性高草酸尿癥表型和特定等位基因的重要性提供了新的見解。此外，它們表明攜帶率遠(yuǎn)高于臨床人群的估計(jì)值，表明存在顯著的漏診和/或不有效外顯率/可變表達(dá)率。
 

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測結(jié)果

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測數(shù)據(jù)庫的基因和等位基因分析

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測使用 Sanger 測序?qū)?301 個(gè)原發(fā)性高草酸尿癥家族（355 名患者）中的三個(gè)已知原發(fā)性高草酸尿癥位點(diǎn)進(jìn)行了突變篩選。其中，68.4%（206 個(gè)家系，247 名患者）為原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)，9.3%（28 個(gè)家系，35 名患者）為原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，11.0%（33 個(gè)家系，38 名患者）為PH3。在每種情況下檢測到兩個(gè)突變等位基因。其余 11.3%（34 個(gè)家系，35 名患者）根據(jù)原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測數(shù)據(jù)庫具有與原發(fā)性高草酸尿癥一致的臨床表型，但在已知基因中未檢測到突變（NMD）。

總共，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測在該隊(duì)列中鑒定了 121 個(gè)不同的突變（83 個(gè)A**T、21 個(gè)G***R和 17 個(gè)H**A1），其中 36 個(gè)之前未在人類基因突變數(shù)據(jù)庫 (HGMD 2013.3 Professional) 或原發(fā)性高草酸尿癥突變數(shù)據(jù)庫 (PHMD： 18 A**T、13 G***R和 5 H**A1). 其中一個(gè)新突變G***R c.[-4G>A, -3C>T] 位于轉(zhuǎn)錄起始密碼子的上游，產(chǎn)生具有更強(qiáng) Kozak 共識(shí)的移碼新起始位點(diǎn)（補(bǔ)充圖 2A ）。

表1：在原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測數(shù)據(jù)加中發(fā)現(xiàn)的新致病變異

a基于NM_000030.2 ( A**T )、NM_012203.1 ( G***R ) 和NM_138413.3 ( H**A1 ) 的核苷酸編號(hào)。

b新型錯(cuò)義突變的計(jì)算機(jī)評(píng)估：AlignGVGD/SIFT/PolyPhen-2 和與多序列比對的同一性（人、公牛、小鼠、大鼠、狗、雞和斑馬魚）。

c第二個(gè)等位基因是根據(jù)系譜順序列出的。

d在 Mandrile等人最近發(fā)表的文章中，這些變體也被確定為新的AGXT等位基因。

使用 NetStart 1.0對Kozak 突變進(jìn)行評(píng)分；更高的分?jǐn)?shù)更有可能充當(dāng)轉(zhuǎn)錄起始密碼子。

f使用 BDGP 評(píng)估了新的剪接；分?jǐn)?shù)越高，越有可能充當(dāng)剪接位點(diǎn)。

不同基因之間的基因型和等位基因分解差異很大（圖1). 例如，50.0% 的 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 譜系包含兩個(gè)截短突變，這是一種等位基因組合，僅占原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 基因型的少數(shù)（14.1%），而在原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)中不存在（圖 1A). G***R更容易發(fā)生移碼插入缺失（插入、復(fù)制、缺失或插入+缺失），占所有突變等位基因的 44.6%，而大多數(shù)A**T突變是錯(cuò)義 (67.0%)（圖 1B). 這些富集是由常見的突變驅(qū)動(dòng)的；在 50.5% 的 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 家族中發(fā)現(xiàn)了 A**T 錯(cuò)誤定位變化 p.G170R，在35.7%的原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 家族中發(fā)現(xiàn)了G***R c.103delG。H**A1 的兩個(gè)最常見等位基因（c.700+5G>T 和 p.E315del）表現(xiàn)出相當(dāng)?shù)偷牡任换虍愘|(zhì)性，占總數(shù)的 74.2%（圖 1B).

圖1：基因型和等位基因分解在突變解決的 267 個(gè)譜系中的不同原發(fā)性高草酸尿癥類型之間有很大差異。(A) 按原發(fā)性高草酸尿癥類型劃分的基因型分解顯示患者具有兩個(gè)截短等位基因（無義、剪接和移碼插入缺失 [插入、重復(fù)、缺失或插入+缺失]）、兩個(gè)非截短等位基因（錯(cuò)義和框內(nèi)插入缺失）或截短加號(hào)一個(gè)非截?cái)嗟任换?。括?hào)中的數(shù)字表示具有該基因型的家庭數(shù)量。(B) 不同突變類型的原發(fā)性高草酸尿癥類型的等位基因分析。還突出顯示了每種原發(fā)性高草酸尿癥類型的常見等位基因及其頻率。A**T p.G170R 在 29 個(gè)家族中發(fā)現(xiàn)純合子 (hom)，在 75 個(gè)家族中發(fā)現(xiàn)雜合子 (het)，G***R c.103delG（hom，5 個(gè)家庭；het，5 個(gè)家庭），H**A1c.700+5G>T（hom，8 個(gè)家庭；het，12 個(gè)家庭），H**A1 p.E315del（hom，7 個(gè)家庭；het，7 個(gè)家庭）。

PH 類型之間的基因型-表型比較

在原發(fā)性高草酸尿癥的隊(duì)列中，PH 癥狀發(fā)作的中位年齡（第 25、75 個(gè)百分位數(shù)）為 5.2 歲（1.7、15 歲），最后一次接觸的年齡為 21 歲（9、43 歲）。迄今為止，355 名患者中有 22 人死亡，139 人發(fā)展為 ESRD。腎臟生存分析表明，原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者更有可能達(dá)到 ESRD 并且年齡更早，其次是原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，然后是 PH3（圖 2A)。沒有 NMD 患者在 60 歲時(shí)發(fā)生過 ESRD (圖 2A), 盡管兩人后來出現(xiàn)腎功能衰竭。原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者腎鈣質(zhì)沉著癥的發(fā)生率較高，尿液草酸鹽、鈣和檸檬酸鹽水平較低（表 2)。原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者的癥狀發(fā)作早于原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 或原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 患者，但尿草酸鹽排泄量較低，而且一般來說，疾病進(jìn)展更慢。NMD 患者是最新出現(xiàn)癥狀的患者，其草酸鹽水平與原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者相似。乙醇酸或l-甘油酸水平升高分別表示原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 或原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)（表 2)。

圖2：腎臟存活圖顯示 (A) 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者的腎臟存活率較差，然后是 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，和 (B) 具有兩個(gè) MiR 等位基因的 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者的腎臟存活率較好。(A) 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)、原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)、原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)和 NMD 隊(duì)列的 Kaplan-Meier 腎臟存活圖。(B) 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者的 Kaplan-Meier 腎臟存活圖被歸類為具有兩個(gè) MiR 等位基因（純合子或復(fù)合雜合子；AGXT p.G41R、p.F152I、p.G170R、p.I244T，89 名患者），一個(gè) MiR 等位基因在與非 MiR 等位基因（97 名患者）或兩個(gè)均不是 MiR 等位基因的等位基因（無 MiR，81 名患者）組合。Kaplan-Meier 圖下方的表格顯示了生存估計(jì)值，括號(hào)中為處于風(fēng)險(xiǎn)中的患者數(shù)量。

 
表 2：基于原發(fā)性高草酸尿癥類型的 RKSC原發(fā)性高草酸尿癥患者的臨床表現(xiàn)

Q1、Q3、第一和第三四分位數(shù)；Ox24，24 小時(shí)草酸鹽；Ca24，24小時(shí)鈣；Cit24，24 小時(shí)檸檬酸鹽。

a正常值適用于成年患者。表中的值已針對體表面積進(jìn)行了調(diào)整，以便對成人和兒童患者進(jìn)行比較。52 , 53

b出生至 5 歲兒童的正常值可能更高。

等位基因與 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 表型的關(guān)聯(lián)

為了比較AGXT基因型與 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 表型，我們通過突變類型的組合來表征患者，定義為截短、非截短或 MiR（p.G41R、p.F152I、p.G170R、p.I244T），并假設(shè)非截短/ MiR 突變可能仍有一些殘留功能。具有兩個(gè) MiR 突變的患者出現(xiàn)癥狀較晚，進(jìn)展為 ESRD 的速度較慢，并且草酸鹽和乙醇酸鹽水平低于任何其他基因型的患者（圖 2B,補(bǔ)充表 1 ,表3). 這些結(jié)果與 p.G170R 25的先前發(fā)現(xiàn)一致，并突出了這些等位基因的不有效外顯率/可變表達(dá)性。當(dāng)排除 MiR 突變時(shí)，具有兩個(gè)截短或兩個(gè)非截短突變的患者之間的表型沒有顯著差異（補(bǔ)充圖 3，補(bǔ)充表 2），這表明非 MiR、非截短等位基因通常有效失活。然而，我們確實(shí)注意到與那些沒有 MiR 等位基因的雜合子相比，那些具有 MiR 等位基因的雜合子具有腎臟生存益處，如先前報(bào)道的 p.G170R（圖 2B). 25這種較溫和的表型也可以通過較低的尿液乙醇酸鹽水平來證明，但不能通過其他尿液化學(xué)、發(fā)病年齡或腎鈣質(zhì)沉著癥的發(fā)生率來證明（表3). 為了評(píng)估是否所有 MiR 等位基因在表型方面表現(xiàn)相似，我們將 p.G170R 與其他 MiR 等位基因（p.G41R、p.F152I、p.I244T）分開。Kaplan-Meier 腎生存曲線顯示只有 p.G170R 純合子的疾病較輕，其他 MiR 等位基因純合的患者則不然（圖 3). p.G170R 的生存優(yōu)勢仍然存在，盡管顯著性下降，即使在腎衰竭前調(diào)整吡哆醇治療后也是如此（圖 3); 這發(fā)生在 53% 的 p.G170R 純合子、26% 的其他 MiR 純合子和 38% 沒有 MiR 等位基因的患者中。接受治療的患者比例在各組之間沒有顯著差異（P = 0.14）。因此，盡管所有 MiR 等位基因都揭示了功能性 MTS，但它們的外顯率存在顯著差異。29

表3：根據(jù)每個(gè)基因型的 MiR 變體數(shù)量評(píng)估 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 嚴(yán)重程度

Hom，純合子；Het，雜合子；Q1、Q3、第一和第三四分位數(shù)；Ox24，24 小時(shí)草酸鹽；Ca24，24小時(shí)鈣；Cit24，24 小時(shí)檸檬酸鹽。

a正常值適用于成年患者。表中的值已針對體表面積進(jìn)行了調(diào)整，以便對成人和兒童患者進(jìn)行比較。

b出生至 5 歲兒童的正常值可能更高。

圖 3:腎臟存活圖顯示只有 p.G170R 純合子患者而非其他 MiR 基因型的純合子患者具有腎臟存活優(yōu)勢。P.G170R 純合子（34 名患者）、另一個(gè) MiR 等位基因純合子或復(fù)合雜合子（p.G41R、p.F152I、p.I244T，19 名患者）或具有無 MiR 等位基因（81 名患者）。成對比較顯示，與沒有 MiR 等位基因的患者相比，具有AGXT p.G170R 而不是其他 MiR 等位基因的純合子患者的腎臟存活率更高（Hom p.G170R 與無 MiR；P <0.0001 [ P <0.001]，Hom 其他 MiR 與無MiR P =0.27 [ P =0.35]，Hom p.G170R 與 Hom other MiR P=0.04 [ P =0.05]）。方括號(hào)中的P值針對吡哆醇處理的效果進(jìn)行了調(diào)整，降低了整體顯著性但維持了AGXT p.G170R 純合子的生存優(yōu)勢。

等位基因與 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 和 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)表型的關(guān)聯(lián)

為了評(píng)估基因檢測數(shù)據(jù)庫原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 隊(duì)列中的基因型-表型相關(guān)性，根據(jù)突變類型（兩個(gè)截短、兩個(gè)非截短或一個(gè)截短加一個(gè)非截短等位基因）對患者進(jìn)行分組。然而，未觀察到與出現(xiàn)癥狀時(shí)的年齡或 ESRD、腎鈣質(zhì)沉著癥和尿液化學(xué)有顯著關(guān)聯(lián)（補(bǔ)充表 3）。

原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者按常見突變（c.700+5G>T 或 p.E315del 的純合子；c.700+5G>T/p.E315del 的雜合子、復(fù)合雜合子，或缺少這些突變）分組。至于原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，在基因檢測數(shù)據(jù)庫相對較小的原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)隊(duì)列中沒有明顯的基因型-表型關(guān)聯(lián)。有趣的是，一名 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者在 8 歲時(shí)發(fā)展為 ESRD。該患者是一對密切相關(guān)的非保守錯(cuò)義變異的純合子，預(yù)計(jì)具有高致病性，而不是常見的H**A1等位基因。該患者在 18 個(gè)月大時(shí)出現(xiàn)癥狀，有多處草酸鈣結(jié)石已通過手術(shù)切除；CKD 在 6 歲時(shí)新穎被發(fā)現(xiàn)，至少部分歸因于阻塞性尿路病。

具有相同基因型的患者和家族內(nèi)的疾病變異性

在原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 中觀察到具有相同等位基因組合的患者的家族內(nèi)可變疾病表達(dá)和表型異質(zhì)性。在當(dāng)前隊(duì)列中，五個(gè)原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 家族在 ESRD 發(fā)作時(shí)間方面的兄弟姐妹之間存在 >20 年的差異，并且特定 A**T 等位基因純合的患者之間存在相當(dāng)大的表型變異性（補(bǔ)充表5A ）。在原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 和原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)隊(duì)列中，常見突變的純合子也表現(xiàn)出相當(dāng)大的疾病表達(dá)變異性。在一個(gè) 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 家族內(nèi)GRHPR純合子c.103delG，三個(gè)受影響的兄弟姐妹中的一個(gè)在 21 歲時(shí)達(dá)到了 ESRD，而另外兩個(gè)表現(xiàn)出偶爾的結(jié)石病，eGFR 在 56 歲和 53 歲時(shí)分別為 40 和 85 ml/min/1.73 m 2。

使用全外顯子組測序基因檢測數(shù)據(jù)估計(jì)原發(fā)性高草酸尿癥患病率

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測討論

在這里，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測展示了的有效基因分型原發(fā)性高草酸尿癥隊(duì)列之一的基因型-表型相關(guān)性，并根據(jù)大量人口數(shù)據(jù)計(jì)算原發(fā)性高草酸尿癥患病率。由于人口規(guī)模，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測顯著增加了獨(dú)特原發(fā)性高草酸尿癥突變的數(shù)量（AGXT增加了 10.1%，GRHPR增加了 46.4%，HOGA1增加了 26.3%）。該分析強(qiáng)調(diào)了這些疾病的等位基因異質(zhì)性，盡管一些常見等位基因的群體重要性也得到了加強(qiáng)（圖1). 雖然升高的尿液乙醇酸、 l-甘油酸、或 HOGA 水平通?？梢蕴峁┯嘘P(guān)原發(fā)性高草酸尿癥基因相關(guān)的有力證據(jù)（表 2),原發(fā)性高草酸尿癥類型和正常個(gè)體之間存在顯著重疊。因此，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測在這里強(qiáng)調(diào)分子分析作為診斷原發(fā)性高草酸尿癥的金標(biāo)準(zhǔn)方法的價(jià)值。隨著測序成本的下降和新方法的采用，實(shí)施全面篩查所有基因編碼區(qū)（而不僅僅是常見的遺傳變異）并有效評(píng)估所有檢測到的變異的方案變得越來越實(shí)用。

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測在突變解決家庭中的基因流行率——77.1% 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)、10.5% 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)、12.4% PH3——與之前的估計(jì)一致（原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)，80%；原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，10%；PH3，10%），并強(qiáng)調(diào) 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 是最常見的形式，而原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)現(xiàn)在至少和 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 一樣普遍。有趣的是，原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測臨床定義的隊(duì)列（34 個(gè)家系）中有 11.3% 在已知原發(fā)性高草酸尿癥基因中未檢測到突變。鑒于這些家族的表型（見下文）和分子診斷的高效性（在 NMD 組中未檢測到單個(gè)原發(fā)性高草酸尿癥突變），PH 的進(jìn)一步遺傳異質(zhì)性似乎很可能。盡管 NMD 病例符合 RKSC原發(fā)性高草酸尿癥注冊標(biāo)準(zhǔn)（簡明方法），但新穎癥狀出現(xiàn)的時(shí)間比基因定義的原發(fā)性高草酸尿癥晚 4-9 年（表 2)，尿草酸鹽排泄低于 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 和 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)（但與 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)相似），并且 ESRD 很少見，盡管存在相當(dāng)大的家庭間變異性。這些數(shù)據(jù)表明需要嚴(yán)格的臨床/分子評(píng)估來確定適合原發(fā)性高草酸尿癥進(jìn)一步基因發(fā)現(xiàn)工作的人群。

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測的原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 隊(duì)列顯示了較小隊(duì)列中報(bào)告的許多特征；兩個(gè)AGXT變體占 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 突變等位基因的 47.8%（p.G170R [32.3%] 和 c.33dupC [15.5%]），大多數(shù)突變是錯(cuò)義的，即使在排除常見等位基因之后（圖1). 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)是最嚴(yán)重的PH類型（圖 2,表 2)，先進(jìn)癥狀的中位年齡（5.2 歲）和累積腎臟存活率（20 歲、40 歲和 60 歲時(shí)分別為 76%、43% 和 12%）與文獻(xiàn)報(bào)道的相似。此外，盡管乙醇酸鹽的尿液排泄升高提示 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)，但范圍（6.0–1183.0 mg/g 肌酐）與其他原發(fā)性高草酸尿癥類型和 NMD 患者重疊（最小、最大尿乙醇酸鹽 mg/g 肌酐： 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2), 0.0, 105.0; PH3, 0.0, 116.0; NMD, 1.0, 168.0) (表 2), 表明單獨(dú)的乙醇酸鹽分析不能明確識(shí)別這種原發(fā)性高草酸尿癥形式。4個(gè) MiR 等位基因之一純合的患者原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 較輕（圖 2,表3)，正如 p.G170R 所建議的那樣，但將 p.G170R 與其他 MiR 等位基因分開強(qiáng)調(diào)了晚期 ESRD 僅與 p.G170R 相關(guān)（圖 3); 其他 MiR 患者的腎臟存活率與具有截短或非 MiR 非截短等位基因的患者相似。這些結(jié)果強(qiáng)調(diào)了 p.G170R 的不有效滲透性質(zhì)/可變表達(dá)性，并表明其他 MiR 等位基因的不同病理機(jī)制，例如單體聚集或活性位點(diǎn)破壞，如 p.G41R 所示。對于考慮對具有其他 MiR 等位基因的患者進(jìn)行吡哆醇治療很重要，因?yàn)樵撦o助因子被認(rèn)為可以穩(wěn)定單體/二聚體。然而，軼事證據(jù)表明多種AGXT突變患者（包括 p.F152I 或兩個(gè)截短等位基因）對吡哆醇有反應(yīng)，表明可能存在吡哆醇的替代治療益處（例如，對基因表達(dá)和/或酶活性的影響）。

原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測發(fā)現(xiàn)具有兩個(gè)非 MiR 非截?cái)嗟任换蚺c兩個(gè)截?cái)嗟任换虻幕颊咧g的表型沒有差異，表明所有這些AGXT等位基因都有效失活。這與最近的一份研究形成對比，該研究報(bào)告了具有兩個(gè)非 p.G170R 非截短變體的患者與兩個(gè)截短變體相比具有更好的腎臟存活率（16.9 年對 9.9 年）。盡管原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測有可能沒有觀察到這種相關(guān)性，因?yàn)殛?duì)列規(guī)模較?。≧KSC原發(fā)性高草酸尿癥注冊中的 247 名患者與 OxalEurope 聯(lián)盟中的 410 名患者），并且沒有提供成對比較的意義。OxalEurope 研究人員還分析了特定錯(cuò)義變異之間的等位基因效應(yīng)，但考慮到觀察到的家族內(nèi)/基因型內(nèi)表型異質(zhì)性，由于遺傳/環(huán)境修飾效應(yīng)，對這些小群體的解釋需要謹(jǐn)慎。隨著人口規(guī)模的增加和通過可用隊(duì)列的匯總分析，將有可能對 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 進(jìn)行更詳細(xì)的等位基因分析。

在原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測的隊(duì)列中，原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 在出現(xiàn)癥狀的年齡和草酸鹽水平方面與 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 相似；然而，向 ESRD 的進(jìn)展明顯較慢（圖 2,表 2).升高的尿液l-甘油酸水平將 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 病例與 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 和 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)病例區(qū)分開來，但發(fā)現(xiàn)與遺傳未解決組有一些重疊（最小、最大尿液l-甘油酸 mg/g 肌酐：原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)，0.0，129.0；原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2)，151.0 , 4355.0; PH3, 0.0, 40.0; NMD, 0.0, 152.0)。同樣，觀察到顯著的家族內(nèi)/基因型內(nèi)表型異質(zhì)性，表明 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 中存在顯著的遺傳/環(huán)境修飾效應(yīng)。在 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 患者中未檢測到表型與突變類型的顯著關(guān)聯(lián)，盡管我們的隊(duì)列可能太小而無法識(shí)別疾病嚴(yán)重程度的細(xì)微差異。有趣的是，大多數(shù)GRHPR突變等位基因發(fā)生移碼，主要由常見的 c.103delG 變體驅(qū)動(dòng)。

在原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測的隊(duì)列中，沒有原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)家族有兩個(gè)截?cái)嗟任换颍▓D1)，只描述了一名這樣的患者。具有不同或未檢測到 HOGA 水平的患者的表型分析將證明很有趣，并提供對大多數(shù)HOGA1等位基因是不有效還是有效滲透的深入了解，這與結(jié)構(gòu)分析一致。有趣的是，一些HOGA1攜帶者表現(xiàn)出輕度高草酸尿癥或特發(fā)性尿路結(jié)石?。ㄅc其他形式的原發(fā)性高草酸尿癥不同），并且第一個(gè)報(bào)告的 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者達(dá)到 ESRD 是兩個(gè)新型連鎖錯(cuò)義變異的純合子; 表明更多的滲透突變可能具有更強(qiáng)的表型效應(yīng)。然而，這名 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者的 ESRD 可能至少部分因反復(fù)取石手術(shù)引起的腎損傷而加重。矛盾的是，原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)患者在最早的年齡出現(xiàn)癥狀，但隨后病情相對較輕（圖 2,表 2), 表明隨著年齡的增長對 HOGA 水平的敏感性降低。兩個(gè)最常見的HOGA1等位基因（c.700+5G>T 和 p.E315del）之間缺乏檢測到的基因型-表型相關(guān)性可能再次是由于人口少和其他遺傳/環(huán)境修飾效應(yīng)。

這項(xiàng)研究最重要的發(fā)現(xiàn)是，從人口數(shù)據(jù)中計(jì)算出的總體攜帶者頻率（大約 1:70）和推斷患病率（大約 1:58,000）比臨床研究的估計(jì)值大一個(gè)數(shù)量級(jí)。因?yàn)檫@些新的估計(jì)來自對已知突變等位基因的計(jì)數(shù)，并且主要由一些常見等位基因驅(qū)動(dòng)，所以這項(xiàng)研究不太可能高估載體頻率。原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患病率的估計(jì)值大約是先前估計(jì)值的兩倍，但 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)的差異更為顯著，其觀察到的人群攜帶頻率高于 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1)，但在目前確定的臨床人群中常見率低 6 倍。原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 的人群攜帶頻率是 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 的一半，但在臨床人群中的頻率要低 7 倍以上。HOGA1 c.700+5G>T突變（圖 4). 有趣的是，AGXT p.G170R 僅在 EA 中發(fā)現(xiàn)，而AGXT MTS 變體（p.P11L、p.I340M、次要單倍型）在 AA 中比 EA 中少得多（圖 4）。這一發(fā)現(xiàn)表明，預(yù)測錯(cuò)誤定位 AGT 的突變在 AAs 中通?？赡鼙３譄o癥狀，因?yàn)?MTS 需要存在次要單倍型才能激活。有趣的是，由于最常見的 AA 突變AGXT p.R289H（在 PHMD 中報(bào)告22），EA 和 AA 之間的 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 流行率仍然相似。該變異比任何原發(fā)性高草酸尿癥等位基因（不包括 EA：HOGA1 c.700+5G>T）明顯更常見（圖 4) 并且得分很低，40質(zhì)疑其真正的致病性質(zhì)。去除該等位基因?qū)⑹?原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患病率降低 48%（CF，1:270；患病率，1:291,256），PH 總體患病率降低 18%（CF，1:79；患病率，1:71,333，補(bǔ)充表 9 ）。此外，AA 中的 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患病率將降低 87%（CF，1:549；患病率，1:1,203,908），AA 人群中的原發(fā)性高草酸尿癥總體患病率將降低 56%（CF，1:156；患病率，1:225,971）。因此，PH 在?? AA 中的流行率比在 EA 中低約 82%。

預(yù)期和觀察到的患病率之間的差異，尤其是 原發(fā)性高草酸尿癥3型（PH3)和 原發(fā)性高草酸尿癥2型（PH2) 的程度較小，可能是由于這些疾病的診斷不足，這些疾病具有總體較溫和的表型，并且比 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 導(dǎo)致 ESRD 的可能性小得多。此外，部分 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 患者（尤其是 p.G170R 純合子）的疾病相對較輕，并且新穎出現(xiàn)癥狀的年齡差異很大（表 2), 可能是 原發(fā)性高草酸尿癥1型（PH1) 診斷不足的 2 倍。此外，將原發(fā)性高草酸尿癥誤診為其他腎臟疾病，如腎結(jié)核患者AGXT突變的純合性所示， 50也可能在低估原發(fā)性高草酸尿癥患病率方面發(fā)揮作用。因此，特發(fā)性結(jié)石病人群和其他具有原發(fā)性高草酸尿癥表型但沒有已知突變的患者的原發(fā)性高草酸尿癥基因型分析可能為未確診的原發(fā)性高草酸尿癥病例提供信息。事實(shí)上，根據(jù)已發(fā)表的診斷流程，在結(jié)石診所環(huán)境中，對于不明原因的高草酸尿癥和/或 CKD 患者，應(yīng)仔細(xì)考慮原發(fā)性高草酸尿癥的診斷。51這包括對尿液草酸鹽和化學(xué)物質(zhì)以及血漿草酸鹽進(jìn)行初步綜合分析，然后對疑似病例的原發(fā)性高草酸尿癥基因進(jìn)行分子檢測。

 
 

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